Si bien son independientes de las actividades que auditan, los auditores internos forman parte de la organización y proporcionan vigilancia y asesoramiento continuo de todas sus actividades. Por el contrario, los auditores externos son independientes de la organización, y proporcionan una opinión anual de los estados contables. El trabajo de los auditores internos y externos debe estar coordinado con el fin de lograr una eficacia y eficiencia óptimas.

Los auditores internos y externos tienen intereses mutuos con respecto a la eficacia de los controles contables internos. Ambas profesiones adhieren a códigos de ética y a normas profesionales establecidas por sus respectivas asociaciones profesionales. Sin embargo, hay grandes diferencias en la relación que cada una de ellas mantiene con la organización, y en el alcance de sus trabajos y objetivos.

Los auditores internos forman parte de la organización. Sus objetivos están determinados por normas profesionales, por el consejo directivo y la gerencia o dirección. Sus clientes primordiales son la gerencia y el consejo directivo. Por el contrario, los auditores externos no forman parte de la organización, sino que son contratados por ella. Sus objetivos están establecidos fundamentalmente por ley y por su cliente primordial, el consejo directivo.

El alcance del trabajo de los auditores internos es integral. Éstos sirven a la organización ayudándole a cumplir sus objetivos y mejorando sus operaciones, procesos de gestión de riesgos, control interno y gobierno. Interesados en todos los aspectos de la organización, tanto contables como no contables, los auditores internos se centran en acontecimientos futuros como resultado de sus revisiones y evaluaciones continuas de controles y procesos. También están interesados en la prevención de fraudes de todo tipo.

La misión primordial de los auditores externos es ofrecer una opinión independiente de los estados contables anuales de la organización. Su enfoque es histórico por naturaleza, dado que evalúan si los estados cumplen con principios contables de aceptación general, si presentan adecuadamente la situación financiera de la organización, si los resultados de las operaciones para un período dado están representados con precisión, y si los estados contables han sido materialmente manipulados..

Los auditores internos y externos deben reunirse periódicamente para debatir intereses comunes; beneficiarse de sus técnicas, áreas de experiencia y perspectivas complementarias; conocer el alcance y los métodos de trabajo de cada uno; comentar la cobertura de auditoría y la programación para minimizar las redundancias; proporcionar acceso a los informes, programas y papeles de trabajo; y evaluar conjuntamente las áreas de riesgo. En cumplimiento de sus responsabilidades de supervisión en lo que respecta al aseguramiento, el consejo directivo debe requerir la coordinación del trabajo entre los auditores internos y externos con el fin de aumentar la economía, eficiencia y eficacia del proceso de auditoría en general.